Tak jak wszystkie leki Xylorin u niektórych osób może wywoływać niepożądane skutki uboczne. Do najczęstszych należą podrażnienie błony śluzowej nosa, kichanie, bóle głowy, zaburzenia widzenia i snu, reakcja alergiczna, przyspieszenie akcji serca i zaburzenie jego rytmu.
Przewlekłe i nadmierne stosowanie produktu może prowadzić do tzw. kataru polekowego. Należy wtedy odstawić preparat.