Niektórzy pacjenci uczuleni na antybiotyki aminoglikozydowe jak streptomycyna, gentamycyna mogą być uczuleni na lek Altabactin (tzw. alergia krzyżowa).
Lek stosuje się na małe powierzchnie skóry. Altabactin nie jest odpowiednim lekiem do leczenia dużych zmian skórnych pochodzenia bakteryjnego. Lek nie posiada działania przeciwgrzybiczego i przeciwwirusowego, dlatego nie stosuje się go na określone zakażenia wywołane wirusami, grzybami.
Jeśli mimo stosowania maści Altabactin zakażenie bakteryjne zaostrza się np. zwiększa swoją powierzchnie należy zasięgnąć porady lekarza, który zadecyduje prawdopodobnie o innym leczeniu zmiany skórnej.
Niektóre składniki leku mogą zwiększyć wrażliwość skóry na słońce i promieniowanie słoneczne.
Wśród składników tego leku wymienia się lanolinę, która w niektórych przypadkach może wywoływać reakcję skórną.