Stosowanie Akneroxid może wiązać się z wystąpieniem działań niepożądanych, nie wystąpią one jednak u każdego stosującego ten lek.
W pierwszych dniach po rozpoczęciu leczenia może pojawić się zaczerwienienie skóry, uczucie napięcia, które ustępuje zwykle samoistnie względem dlaczego leczenia. Jeśli objawy te występują dłużej niż 5 dni należy czasowo zawiesić stosowanie żelu Akneroxid 10. Kolejno żel ten można stosować w większych odstępach czasowych lub należy użyć słabszego stężenia tego leku (Akneroxid 5).
Wśród działań niepożądanych wymienia się: podrażnienie i zaczerwienienie skóry, jej przesuszenie lub kontaktowa alergia.