Mucosit stosuje się powierzchniowo jako środek ściągający, przeciwzapalny, przeciwbakteryjny oraz miejscowo znieczulający, przyspieszający ziarninowanie i gojenie się ran. Lek do stosowania miejscowego na błony śluzowe jamy ustnej jako środek wspomagający w leczeniu chorób przyzębia oraz stanach zapalnych jamy ustnej (np. odleżyny po protezach zębowych). W stanach po zabiegach chirurgicznych na przyzębiu można stosować produkt wyłącznie ze wskazań lekarz stomatologa.

Należy stosować bezpośrednio po wyszczotkowaniu zębów. 1-2 cm żelu wcierać w dziąsła 2-3 razy dziennie przez 3 minuty za pomocą opuszka palca lub miękkiej szczoteczki. W przypadku nakładania żelu palcem należy dokładnie umyć ręce przed i po aplikacji. Można też nakładać żel za pomocą patyczków higienicznych.